民進黨九合一選舉大敗，後續恐難逃內閣改組，外傳基隆市長林右昌將入主交通部、屏東縣長潘孟安則接掌農委會。農委會主委陳吉仲對潘孟安人事傳聞未回應，僅說個人去留不重要，沒做好的地方會深刻檢討，在位每一天會竭盡全力為農民爭取福利。交通部長王國材則說，林右昌適任各種職務，自己是否異動由府院決定。

這次縣市長選舉，民進黨僅守住南台灣傳統綠營票倉的農業縣市，但得票率大幅縮水。陳吉仲頻頻在蛋荒、石斑魚等產銷處理惹議，被指是戰犯，但也有人認為他是功臣，若未及時給「瘋欉」天災補助，恐難保不會被翻盤。加上潘孟安即將卸任縣長，陳吉仲是否留任引發外界關注。

衛福部長薛瑞元選前言詞辛辣，被認為是民進黨北市長候選人陳時中敗選原因之一，昨立院審查身心障礙者權益保障法修正案，國民黨立委徐志榮對薛說，「說戰犯太沉重，我為你抱屈」，並問「用心不良的不肖分子公布出來也好？」薛瑞元表示，這會讓他被人告誹謗。

是否會因執政黨選舉失利而請辭？選前行為是否有「行政不中立」之虞、讓自己變成干擾選舉的因素之一？薛瑞元表示，這些問題大都回答過，至於行政不中立，「政務官為自己的政策辯護，支持黨籍候選人這是天經地義」；在選舉責任方面，他不會為自己辯護，但如果要他負政治責任，絕不迴避。