日人踹慰安婦像…這裡潑又砸 為何有接不完抗議書？
日本交流協會可以說是台北有名的抗爭地，自從兩國斷交後，難以計數的對日本政府的抗議都在這裡發生，他們都是為了什麼呢？說來說去，都脫不出歷史遺留下來的問題。
日竄改侵華史實 數萬人簽名抗議
國人最早到日本交流協會抗爭，應是為了日本竄改教科書。1982年日本文部省修改教科書中侵華史實，將「侵略」等字眼改為「出兵」，並掩飾「九一八事變」、「蘆溝橋事變」和「南京大屠殺」的殘暴行為，引起我國政府與民間憤慨，外交部透過亞東關係協會向日本交流協會台北事務所提出備忘錄，台北更引發一場萬人簽名運動。
簽名抗議的數萬人名單由學生交給日本交流協會，負責轉交的兩名日本青年曾向主辦的學生說，他們對教科書事件感到非常遺憾，並表示，這完全是日本文部省的錯誤。
台籍日本兵遺族請願 統盟要天皇道歉
1988年1月，台灣住民原日本兵戰歿者遺族代表赴日本交流協會遞送請願書，對於日本政府決定每名台灣人原日本兵戰歿者賠償二百萬日圓表示不服。
遺族代表林春長、林天祺、劉碧淳攜帶致日本總理大臣竹下登的請願函，要求代為轉交，遺族代表指出，日方態度毫無誠意，他們僅要求至少比照對韓國的補償，每名五百萬日圓的賠償金。
同年10月台灣光復節前夕，當年發動侵華戰爭的裕仁天皇即將走到生命盡頭， 中國統一聯盟等十餘個民間團體到日本交流協會抗議，要求裕仁天皇在臨終前為其侵華罪行向中國人民鄭重道歉。
宜蘭船員被毆 引發「新保釣運動」
1989年9月，宜蘭漁船源勝號船員遭日本海上保安廳毆打事件，一場新保釣運動再起，「中國統一聯盟」發起「新保釣運動」遊行活動，10月下旬前往立法院和交流協會遞交抗議書，反對日本侵占釣魚台列嶼和對台灣漁民施暴。釣魚台此後成為重要抗爭主軸。
新保釣運動興起主因是，「日本青年社」在1989年夏天以「石垣島居民」名義，向日本政府申請對1978年所設置的燈塔從事補強工作，增強燈塔的照明度，後外電報導日本政府有意核准「日本青年社」以個人名義在釣魚台興建燈塔，形同將竊取我國領土行為化暗為明。
1990年，新保釣運動得到官方回響，主辦區運的高雄市長吳敦義，提出聖火登釣魚台主張，但10月21日聖火隊遭日武力阻撓只能折返，23日立委張志民、許武勝等多人，赴日本交流協會遞送68名立委連署抗議書，另還有北區大專院校學生及民眾數百人，都要求日政府拆除燈塔等設施。
民進黨聲援保釣 林正杰怒砸玻璃
1990年10月12日，當時區運聖火登島之議仍未進行，民進黨外交部主任李宗藩等人代表該黨向日本交流協會遞抗議書，日本交流協會主任高橋邦夫接受抗議書後，答應將民進黨的意思轉知日本政府。
民進黨在抗議書中強調，釣魚台列嶼依歷史觀點或中國歷朝地理版圖的變遷，「明確為中國的版圖」，日本帝國主義不應強硬竊占台灣「固有領土」…釣魚台列嶼。
1990年仍是民進黨立委的林正杰，10月24日再度前往抗議時，怒砸日本交流協會台北事務所所長梁井新一的辦公桌上玻璃。
台籍日本老兵討薪 搗毀協會設施
1996年6月，卅餘名台籍日本老兵前往日本交流協會抗議，要求日本政府提高賠償二戰台灣人被調去當兵時，日本政府未付給的薪俸、儲蓄存款、保險等，但未獲回應，憤而搗毀交流協會門窗玻璃、辦公設施。
警方據報趕到，將「台籍原日本軍屬戰後處理委員會」會長李憲章等帶回調查，交流協會台北事務所主任深井哲夫代表向警方報案指出，李憲章等人分持鐵鎚搗毀辦公室，造成約三百萬元損失，日本交流協會暫時保留告訴權，但希望以後不要再有暴力情形發生。
保釣一人殉難 交流協會前設靈堂
1996年9月18日，是九一八事變65周年，由於日本青年社7月開始在釣魚台北小島建燈塔，兩岸香港與北美都發生反日示威，保釣臻於最高潮。
四天後，香港保釣船「保釣號」從香港出發，計劃到釣魚島搶灘拆除燈塔。26日當「保釣號」進入釣魚島12浬內海域航行，被多艘日本船艦攔截，距離釣魚島約3浬位置，保釣人士陳毓祥率領另外四位隊員跳入海中游泳宣示主權，以代替搶灘行動。因腳部被繩索纏住及被船隻撞傷頭部，頭部浸於海中近4分鐘， 最後宣告不治。
9月30日台灣保釣團體到交流協會前，為殉難的陳毓祥靜坐哀悼，並且擺設靈堂供民眾祭拜。靈堂上寫著「中華兒女誓死保釣、犯境倭寇灰飛煙滅」及「英烈千秋」輓聯，並有各團體代表演講，氣氛哀戚。
慰安婦阿嬤要求日謝罪 抗爭10多年
慰安婦雖是1990年代已被證明日軍當年曾有此制度，但慰安婦阿嬤首次去交流協會抗議，大約是2002年以後的事。2002年，「阿桃」阿嬤等五位前台籍慰安婦前往交流協會陳情抗議，從手中丟出象徵日本國民基金的白色蛋殼，要求日本政府面對慰安婦問題不要私了，要謝罪、賠償。
2005年8月15日日本戰敗60周年，六位台籍慰安婦阿嬤及一位過世阿嬤的家人，頂著大太陽走上街頭，到交流協會遞交抗議信，要求日本正式向當年受害的阿嬤道歉。之後阿嬤們幾乎每隔一、兩年就來一次。
運將遭Makiyo痛毆 計程車集體抗議
抗議也有別的原因，譬如日裔藝人Makiyo（川島茉樹代）與其日籍朋友痛毆運將，也爆發運將到此抗爭。
2012年2月，Makiyo與男友友寄隆輝以運將揮手碰觸到Makiyo胸部，雙方口角，聯手毆打司機林余駿至重傷，揚長而去。犯後翌日召開記者會解釋，卻愈描愈黑引發社會撻伐。
計程車駕駛工會全國聯合會率卅幾名計程車司機，到交流協會抗議，認為協會袒護打傷林余駿的友寄隆輝，要求協會致歉。
友寄與Makiyo後來被依重傷害罪起訴，檢方對友寄求刑6年，對Makiyo求刑4年，最後雙方以300萬元達民事和解。
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