卡玫基颱風在中南部帶來驚人雨量，農委會統計，全台農損已達五億八千多萬元，其中蔬果受損最重。損失最嚴重的縣市是雲林，金額超過兩億元，已達發放現金救助與辦理低利貸款的標準；其他縣市的受災個案，亦可專案向地方政府報請補助。

受到災損的影響，台北市蔬菜到貨量銳減近四成，每公斤平均批發價突破卅元大關，一天內漲了近七元，價格上漲較多菜種有小白菜、萵苣、青江菜、蕹菜、甘藷葉、竹筍、扁蒲、茄子、番茄、花胡瓜、絲瓜、甜椒、敏豆等。農委會主委陳武雄表示，要求農糧署持續監控行情，必要時介入調配以穩定菜價。

原本農委會預期受災較重的東部縣市，只有宜蘭縣出現一百多萬元的損失；中南部第一天的農損就已達到三億一千萬元，到昨天傍晚更累積至五億八千萬元。

其中，農作物損失四億四千多萬元，以蔬果類受災最重，包括葉菜類、香瓜、西瓜等浸水，木瓜、香蕉、梨及巨峰葡萄等倒伏落果；畜禽損失七千七百餘萬元，其中豬死亡七百七十五頭、雞七十二萬多隻、鴨十四萬多隻；漁產損失一千一百萬元，主要是台南、雲林屏東、高雄縣的養殖魚塭。

依縣市分，損失最重的是雲林的兩億元，其次是台南縣的一億元，高雄縣與台中縣五千多萬元，彰化南投都是四千多萬元。