金錢外交侵吞案爆發後，陳水扁總統終於在中午透過總統府新聞稿，首度回應表示，巴紐案本是出於好意的外交事件，對於如今的演變發展，傷害了政府及執政黨形象，他深感愧疚，並向全民道歉。陳總統表示，他本人心中坦蕩，既未主導，亦未參與執行。

陳總統指出，他支持司法調查，嚴懲不法，不過他相信，同仁及部屬不會收賄，或A國家的錢，也期待司法早日還給他們公道。

陳總統指出，他只知道相關同仁的用心努力，希望為台灣多交些朋友，當時同仁甚至要他預留時間，在2006年國慶日前後，為建交一事，接見巴國代表，外界在案情不清楚下，試圖含沙射影，捕風捉影，誤導視聽，甚表遺憾。

陳總統表示，相關的工作同仁及部屬，過去都在為台灣外交打拚，外交部經他同意後，已將巴紐案移送法辦。陳總統表示，本案在推動過程中有任何違失，有必要檢討追究，同時如昨日行政院長張俊雄所指示的，追人、追錢、追責任等工作能儘速查明，並釐清責任對外說明。

陳總統表示，他已特別指示應該將巴紐案列入政權交接事項，同時也同意外交部長黃志芳針對巴紐案向立法院長王金平、朝野黨團領導幹部，及外交委員會委員報告。

陳總統表示，2000年政黨輪替前，劉冠軍案早就發生，只是被隱瞞，並未列入移交，他深以為憾，並引以為戒。外交工作是延續性的，民進黨政府在8年前執政同時，也承接了國民黨遺留下來的諸多外交問題，雖百般不同意，基於國家外交利益，仍概括承受，努力克服，回顧幾十年來台灣面對中國無情打壓，其中心酸苦楚，唯有當事者能瞭解。