外交部長黃志芳今天指出，三千萬美元機密外交經費遭侵吞一事，從推動建交一直到中間人金紀玖失聯，他都有向總統陳水扁報告，總統當選人馬英九四月十日到外交部聽取工作簡報時，他也在當天透過管道向馬英九說明此事；他說，此案關鍵非外交工作疏失，而是中間人「忠誠度」問題。

黃志芳上午召開記者會說明台灣推動與巴布亞紐幾內亞建交三千萬美元機密外交經費遭侵吞一事，黃志芳鞠躬道歉並指出，身為外交部長，他比任何人都知道此事公開後，對國家可能造成的傷害，過去一年多來他與外交部同仁可說是心力交瘁，窮盡各種可能辦法，試圖把這筆錢追回來，最後都不可行，才決定採取法律行動，這是他最不願看到的結果。

黃志芳說，巴紐是南太平洋大國，歷任政府都將此列為加強關係對象，三千萬美元經費原是計劃建交成功後用來提供巴紐2006年到2007年從事農漁業、中小企業、發展基礎建設等改善國計民生的合作款項，並非外界所指的「金錢外交」，希望外界不要以「金錢外交」的觀點看待此事。

黃志芳強調，外交部一向以最嚴謹的態度推動外交，在運作巴紐建交時，外交部評估認定巴紐不具備穩定長遠邦交的條件，所以才停止推案，外交部不會為了建交而建交，外交部執行過程坦蕩，同仁的清白都可以接受考驗，外交部對此事若有任何責任，他願意承擔。

黃志芳並認為，「這件事問題不在外交部人員的執行能力，而在於邱義仁所信任的這個人，最後發現他的忠誠度有問題、背叛國家」，外交部用嚴格觀點把關，才沒有重蹈1999年台灣與巴紐建交三天就斷交的覆轍。

黃志芳透露，開始推動建交案時，邱義仁有向陳總統報告，他也口頭向陳總統報告說「奉指示要推動建交」，後來評估發現巴紐不具穩定長遠邦交條件，他也向陳總統報告基於這番考量不建交，後來中間人金紀玖跑掉了，他也向陳總統報告，陳總統則指示儘快把人找到，把錢追回來。此外，馬英九四月十日到外交部聽取工作簡報時，他也在當天透過管道向馬英九說明這件事。

黃志芳答覆媒體詢問時指出，他絕對不是因為政黨輪替、紙包不住火了，才採取法律動作；至於責任問題，他強調，會負起應負的責任，他不是眷戀職務的人，但還有一些重要工作要完成，如果他的長官真的覺得在政治責任上必須要有進一步考量，他都願意接受。