最新一期的壹週刊報導，陳水扁總統近來不是忙著要求拷貝外交機密文件，企圖帶離總統府，要不然就是銷毀各式文件，月前，扁還秘密將五台總統府新購碎紙機搬回玉山官邸，碎滿一輛半貨車的文件，連副總統呂秀蓮近來也找人將大批文件送往桃園縣新屋鄉銷毀。

報導指出，有政權交接小組成員表示，扁呂及正副秘書長等五位首長辦公室的文件，一份都沒交出來歸檔，阿扁及第一家庭成員也不願派人辦理財產清點交接，連用國務機要費等公款購買的物品，也沒歸還。

不過，總統府昨天發布新聞稿反駁，政權交接事宜，皆依法辦理。所有公產皆有明細可循，財產尚在清點中，對於毫無依據的報導，總統府表示不解與遺憾。

呂秀蓮也發布新聞稿指出，呂副總統辦公室目前建檔、歸檔之函件已經達一千多件，該報導指稱五長辦公室沒有任何一份文件有歸檔，並非事實。副總統辦公室未將任何資料運往桃園縣新屋鄉永安漁港附近之士林紙業銷毀，對壹週刊該篇報導諸多誤謬之處，鄭重要求澄清更正。

今年三月初總統府政風處曾發函府內各單位，要求依照國家機密保護法辦理移交。四月初，總統府副秘書長林佳龍更表示，有收發文紀錄的檔案，扁政府都會列清冊移交給馬英九政府。

但林佳龍的這項說法，立刻遭到府內人士質疑，畢竟這八年來陳與呂很多的私人信函，有些涉及國家機密，但有些只是私人往來，這些的確有收發文紀錄，但並非全部都有建檔，府內人士曾經陷入兩難，也引發許多認定上的爭議。

壹周刊還表示，五月五日下午，也就是巴紐案在台曝光後，陳總統指示辦公室幕僚參議劉導，要求總統府一局局長葉維銓，將扁任內所有邦交或非邦交國家重要人士，發給總統的外交機密文件，拷貝一份呈進總統辦公室，但遭到一局內部反彈，因為陳總統雖然有調閱機密資料的權限，但卻無權將資料拷貝帶離總統府。

此事後來鬧進總統府政風處，處長謝進財在五月九日展開調查，政風處還發函給各單位，嚴格要求不得拷貝、複製、攜離任何相關國家機密，若違法將追究。面對政風處詢問，總統辦公室答覆是為了撰寫回憶錄，但政風處多次要求不得如此。

壹周刊也報導，府內人士也透露，在進行資產清點時也發現，有五台新購碎紙機竟不在總統府內，而根據壹周刊的調查，碎紙機是被搬進玉山官邸。而前幾天，府裡也派出發財車裝滿遭碎的文件，跑了兩趟送到特勤中心處理。