前總統陳水扁將國務機要費案卷核定為絕對機密，馬英九總統成立專案小組審核後發現，陳水扁竟然連八十九年一月李登輝在總統任內，使用國務機要費執行奉天、當陽專案的資料都列為絕對機密，企圖「牽拖」李登輝。

審核小組指出，陳水扁在核定過程非常草率，還出現「陳水扁奉陳水扁之命，處理國務費案之人員在陳瑞仁檢察官所為之供述，皆為國家機密」的批示字眼；何以公文會出現「陳水扁奉陳水扁之命」，且到底是那些人的供述，都沒有明確指出來。

據了解，陳水扁於八十九年五月就任總統，但他核定的範圍竟是從八十九年一月開始，馬英九全部註銷後，引起李登輝辦公室質疑，認為馬英九註銷為何要扯到李登輝任內的國務機要費？經總統府說明，才化解一場誤會。

審核小組指出，李登輝在總統任內辦理奉天、當陽專案，也就是所謂的國安密帳，正常使用國務機要費核銷，與台北地院審理中的國務費案無關，但扁竟一併將李登輝任內的奉天、當陽專案資料，都核定為絕對機密。