烏坵小坵嶼作為國內低階核廢料最終處置場，可能「復活」，台電公司有喜也有憂。據了解，台電有關主管很擔心，一旦小坵嶼再成為場址對象，核後端基金已砸下7億8000萬元是否有弊案，將面臨被「重啟調查」。

小坵嶼原本是國內低階核廢料最終處置場的最優先候選場址，但民進黨執政後，雖然未被正式宣告放棄，但一直被擱置。

可是選小坵嶼為最終處置場場址，只進行到地質鑽探，在短短5年時間，竟然花了7億8000多萬元，被嚴重懷疑其中可能有弊案。

有關人士透露，在7億8000多萬元的花費中，扣除徵選辦法規定的給地方3次5000萬元，敦親睦鄰與鑽探工程花費超過6億元，從小坵嶼的人口、面積以及選址進度來看，錢到底花到那裡去？確實很有問題。

經濟部官員對於小坵嶼花掉後端基金7億8000萬元，也驚訝表示，這筆巨額，就算給小坵嶼地面舖一層黃金都綽綽有餘，質疑台電到底怎花錢的？

立法院經濟及能源委員會立委在民國91年11月27日審查核後端基金92年度預算，認為後端基金在小坵嶼的花錢問題很大。另外，監察院也針對小坵嶼案進行調查，但因為監委任期屆滿，新任監委卻遲遲未上任而暫停調查。

台電內部透露，小坵嶼場址勘察與設計規劃委託案花費高達4億元，而目前進行的4個場址勘察與設計規劃卻只4億元，兩相對照，很難讓人不懷疑可能有弊案。

另外，台電曾以回饋地方名義採購的烏坵海苔，一度傳出是大陸貨，後來因查無實證，最後不了了之。