學者及民間團體認為，調漲健保費的權限超過衛生署，至少要到行政院層級，而且現行保費計算基礎不公，應以全民所得來取代薪水，且國內對低收入戶訂定標準太嚴，在貧窮線的邊緣戶也應該減免保費。
準總統馬英九的衛生福利政見承諾，在經濟成長所得增加前，健保不能漲。總統大選時為馬蕭陣營撰寫健康政策白皮書的亞洲大學副校長楊志良昨天指出，現行健保費率對受薪階級不公，應以全部所得一起計算，才符合社會公平，他預估如此可將健保費率降至百分之三以下。
民間監督健保聯盟發言人滕西華也是健保局監理委員會委員之一，她對衛生署引用的數據資料有意見，認為衛生署高估低收入戶比率，使其他保險對象負擔增加。
另外，針對健保局在精算報告後提出的三項配套措施，包括提高部分負擔、民眾門診超過十二次採自負額制度及門診藥費不給付。滕西華和楊志良都認為未必可以解決健保財務，反而可能造成更多就醫問題。
滕西華說，過去健保曾七次調整部分負擔，結果只造成健保收入減少，不見減少支出，有些民眾也因為太貴而不敢看病。若不給付門診藥費，滕西華不認為台灣民眾會因此少吃藥；楊志良說，若只保大病不保小病，一樣有利於有錢人、枉顧一般民眾需求。
楊志良說，台灣人口老化，醫學科技更新，健保費率勢必上揚，保費本來就該調，批評健保必須先減少浪費，再來考慮是否調漲的人太不切實際。但保費調整需顧及整體公平性。
二代健保的全民健康保險法修正案大約在一個月前送進立法院，保費計算方式擬從現行的以薪資為計算基準，改成以總所得為準，外快多、收入來源多元的高所得者，將加重保費。楊志良過去即表示，挽救日益惡化的健保財務，已非調高費率即可，健保政策的層級超過衛生署，至少要到行政院。
