高所得的醫師通常適用綜所稅最高累進稅率40％，但是中區國稅局卻發現有醫師利用管理顧問公司的名義，企圖繳交較低稅率（25%）的營所稅和營業稅（5%），逃漏較高稅率的綜合所得稅。

不過，國稅局表示，如果醫師不能提出具體的顧問諮詢事實，即使該管理顧問公司已依法繳納營所稅及營業稅，還是會被國稅局依實質課稅原則，歸課醫師本人的執行業務所得，補繳綜合所得稅並加處罰款。

中區國稅局指出，轄內王君是一家知名眼科甲診所的負責人，92、93年間王君藉由成立乙科技公司，分散甲診所門診的自費收入，逃漏執行業務所得，中區國稅局除補徵稅款外，另按所漏稅額處0.5倍罰鍰。

王君不服申請復查，主張甲診所與乙科技公司有簽訂管理協議書，約定由乙科技公司提供經營管理暨諮詢服務，而甲診所執行業務收取的自費收入，須支付40％或30％作為乙科技公司的醫療諮詢顧問費及醫療材料費，並由乙科技公司出租所需設備。乙科技公司取得收入後，均開立統一發票給甲診所，並依規定申報繳納營業稅及營利事業所得稅。王君表示，甲診所門診自費收入中，僅有30％是自己的執行業務收入。

但中區國稅局調查發現，乙科技公司的負責人亦為王君，該公司的營業收入主要源自甲診所支付的醫療材料費及醫療諮詢顧問費，依協議書約定乙公司僅針對甲診所自費收入部分抽成，顯不合理，且王君未能提示乙科技公司確實提供管理諮詢服務的具體事證，王君成立科技公司顯然只是用來規避個人綜合所得稅，因此按實質課稅原則，將乙科技公司的營業收入核定為王君個人的執行業務所得，並駁回王君復查。